В Кыргызстане появилось большое разнообразие исламских школ. С одной стороны, подобный плюрализм дал возможность свободы выбора вероисповедания гражданам. С другой стороны, радикально настроенные организации также проникли на территорию государства с целью достижения политических целей с помощью религии.
Процесс распространения религии, а также идей, представленных как религиозные, со временем стал усложняться и привел к разногласиям в обществе. В частности, произошло разделение общества на религиозное и светское. Помимо обвинений в религиозном экстремизме в обществе появились упреки в светском экстремизме.
Опрос населения по всем областям страны показал, что существует множество проблем в области религии, которые при определенных условиях могут стать факторами развития религиозного экстремизма. Это низкая религиозная грамотность как самих граждан, так и религиозных деятелей, социально-экономические проблемы, особенно массовая бедность и безработица, сопровождаемые проблемами в межэтнических отношениях и трудовой миграцией.
Центр исследования религиозной ситуации при Государственной комиссии по делам религий КР при поддержке Search for Common Ground провел исследование «Восприятие гражданами идеологии религиозного экстремизма и его оценка государственной политики в противодействии экстремизму».